בשנת התרכ"ט, עשר שנים בלבד אחר פטירת אביו, והוא בן שלושים ושש, עלה רבינו יוסף חיים – הבן איש חי זיע"א לארץ ישראל לזמן מה. דרך המדבר הלך, באורחות לא סלולות. קודם נסיעה זו הצטלם לראשונה וככל הנראה גם פעם אחרונה, ומתקופה זו הן תמונותיו המצויות בידינו. כשהגיע לארץ, ראשית עלה לירושלים עיר הקודש שם נועד עם חכמי ישיבת בית-אל. לאחר מכן המשיך לחברון להשתטח על קברי האבות ולפגוש את ידיד נפשו רבינו אליהו מני. בהמשך אף נסע צפונה להשתטח על קברות הצדיקים, בהם קבר בניהו בן יהוידע, וביום ל"ג לעומר אף הגיע למירון.
חושך לגרש
מספרים, כי את הדרך אל ארץ הקודש, עשה הבן איש חי זיע”א עם שיירת גמלים מכובדת, כשבראש השיירה היה מוסלמי שידע היטב את הדרך. שיירת הגמלים עשתה את דרכה בדרך לא דרך, בלב מדבר שומם וצחיח. בהגיע ערב שבת, עצר הבן איש חי את גמלו, והחל פורק את מטענו ממנו, כמתכונן לשבות במקום, וכך עשו גם מלוויו. ראש השיירה הסתכל כנדהם על מעשה הבן איש חי ומלוויו, והחל טוען כנגדם שזו סכנה של ממש לעצור במקום זה – המסוכן ומוכן לפורענות וכי זה הוא קן לשודדים ורוצחים בדואים. אך וודאי שדבריו נפלו על אוזניהם האטומות של הבן איש חי ומלוויו, שלא חשבו על אפשרות המשכת השיירה תוך חילול קדושת השבת. ראה ראש השיירה כי כך רוחו של הרב, ועל כן נכנע לדבריו והקים אף הוא וחבריו את אוהליהם במרחק של כמה מאות מטרים, כשהם אחוזים פחד. קולות תפילות השבת מילאו את החלל השומם של המדבר. גם הקידוש של הבן איש חי והזמירות שבאו בתוך הסעודה מילאו את המדבר באווירה קדושה של שבת. לאחר ששכבו חברי השיירה היהודים לישון, הבחינו חברי השיירה המוסלמים, שהסתתרו מחוץ לאוהלם, בקבוצת שודדים-מרצחים העושים את צעדיהם חרש אל אוהלם של היהודים. חברי השיירה כבר היו בטוחים כי הנה זה סופם המר של חבריהם היהודים לשיירה. באותה העת ישב הבן איש חי ולמד את לימוד ליל השבת הקבוע לו, לאור נר דולק, באוהל שהפך לאוהלה של תורה. כשהציצו השודדים אל תוך האוהל וראו את מאור פניו המיוחד של הבן איש חי בעת שיושב ועוסק בתורה בדבקות, אחז אותם פחד גדול ומיהרו לנוס כל עוד נפשם בם, וכל זאת לעיניהם המשתאות של חברי השיירה המוסלמים. מספרים, כי היה זה קידוש ה' של ממש, עת רץ ראש השיירה אל אוהלו של הבן איש חי ונפל למרגלותיו ונישק שולי גלימתו.
קביעות גם בדרכים
מספרים, כי בדרכו לארץ הקודש, עבר הבן איש חי זיע”א, גם בארם צובא. משם נתלוו אליו מאציליה וגדוליה ללוותו ירושלימה. והנה סיפרו הם אחר כך, כי במשך כל היום, אף בזמנים בהם היה יושב הבן איש חי במרכבתו על הגמל, היה גורס בעל פה ללא הפסק, כדרך חסידים ואנשי מעשה שלומדים תמיד לימודם על-פה – למען יוכלו לעסוק בו בכל עת. ולא די בזה, כי גם בחצות לילה ממש, כך סיפרו, היה הבן איש חי ניעור ואומר 'תיקון חצות' ולומד עד אור הבוקר, כאילו היה עוד בביתו, ולא בתוך מסע ארוך ומפרך.
סודו של היר"א
מספרים, כי כאשר הגיע הבן איש חי זיע"א לירושלים, פנה אל ישיבת המקובלים בית-אל, ושם פגש בראש הישיבה הרב ידידיה אבו-אל-עאפייה זיע"א, שהיה תלמיד נכדו של הרש"ש זיע"א, וכונה בפי כל בשם 'היר"א'. דיברו השניים בסודות עמוקים, והיר"א אף הראה לו ספר 'עץ חיים' עתיק שהיה בו כתב יד של הרב החיד"א זיע"א. לאחר מכן נפרד הבן איש חי מעל פניו כדי ללכת לחברון. אך מיד אחר שהלך הבן איש חי, אמר היר"א לבניו כי קרבו ימיו להפטר מזה העולם ועל כן שילכו ויחזירו את הבן איש חי, כי רוצה הוא למסור לו איזה דבר, קודם פטירתו. הלכו הבנים, אך כל מה שהשתדלו למצוא את הבן איש חי ולהחזירו – לא הצליחו, כי אז היתה הדרך רחוקה. ומספרים, כי בעת אשר שב הבן איש חי לחפש אחר היר"א, מצא כבר את בניו יושבים שבעה על פטירת אביהם. וכששמע כי רצה למסור לו משהו – הצטער הרבה על הדבר וחשב אולי רצה שיוציא עבורו איזה חיבור, וניסה שיחפשו על כתביו בעניין, אך לא הצליח, כי בניו היו שקועים באבל עמוק ולא מצאו פנאי לזה, והצטער הרבה שלא יכול היה לעשות רצונו של הצדיק.
למה נקרא 'בן איש חי'?
מספרים, כי כשבא הבן איש חי זיע"א לבקר בארץ, הסתובב בכל מקום, ובין היתר הלך לקבר בניהו בן יהוידע, הסמוך לעיר צפת תובב"א. בעמדו שם, הרגיש כי הוא מקבל רוח מיוחדת ושנתווספו לו רזי דרזין, תלי תלים, גדולי גדולים, קודש הלולים, ונעשה כמעין המתגבר, על כן קרא לרוב ספריו בשמות כשמות 'בניהו', 'בן יהוידע', 'בן איש חי', 'בן איש חיל', 'רב פעלים', 'מקבצאל', על פי הכתוב: 'וּבְנָיָהוּ בֶן יְהוֹיָדָע בֶּן אִישׁ חַי (חַיִל) רַב פְּעָלִים מִקַּבְצְאֵל' (שמואל ב' כ"ג).
'ואמרתם כה לחי'
מספרים, כי בין הביקורים שעשה הבן איש חי זיע"א בארץ, הלך אצל קבר רשב"י במירון, ושמע ששרים שם את השיר 'בר יוחאי נמשחת אשריך' של חכם רבי שמעון לביא זיע"א. מלוויו ראוהו מתעכב ועומד שם מהורהר מאוד. אחרי זמן התעורר משרעפיו והתחיל לשיר כבבכורה עולמית את שירו שחיבר זה עתה – 'ואמרתם כה לחי'. הוא חיברו לפי אל"ף בי"ת ולא לפי אותיות שמו, כי לא רצה לפרסם עצמו. שיר זה התפרסם בתוך כל קהילות ישראל באשר הם, ונפוץ בכל העולם כולו, עד לכדי שיש רבים החושבים מרוב פרסומו כי מקורו מעתיק עתיקין, ולא יודעים שהבן איש חי הוא שחיברו. ומספרים, כי בביתו של חכם רבי מרדכי אליהו שליט"א, יש ספר 'אדרא רבא' ו'אדרא זוטא' שבסופו הדפיסו את השיר 'ואמרתם כה לחי' וכתוב שם שחיברו 'מרן הרי"ח הטוב נר"ו' (נטריה רחמניה ופרקיה – כך היו כותבים בעבר במקום 'שליט"א'), היינו שכבר בחייו התפרסם והודפס לכל ישראל. והנה היום כבר ידוע ומפורסם כי למי שיש נשמה שכוללת את כל כללות ישראל – זוכה הוא ששיריו ופיוטיו מתפרסמים בקרב כל ישראל.
בחברון
מספרים, כי בבואו של הבן איש חי זיע"א לחברון, רצה לעלות אל קברות אבותינו במערת המכפלה. כשהגיע, נאמר לו שהשלטונות הערביים לא מרשים ליהודים לעלות, אלא שבע מדרגות בלבד. מששמע זאת, ביקש מהשייח' שלהם שיתחשב בו, כי הוא בא מבגדאד וכי הוא רק מבקש לעלות למעלה. אך אותו רשע לא רצה לתת לו לעלות. פנה אליו הבן איש חי בחכמתו העצומה וקרא בפניו את הפסוק: "כי השוחד יעור עיני חכמים, ויסלף דברי צדיקים". ואמר את הפסוק בעברית אבל את המלים 'חכמים' ו'צדיקים' אמר בערבית. מששמע השייח' מילים אלו נשתחד ונתעוור ונתן לו לעלות ולהיכנס.
ייבוא עצמי
מספרים, כי כשחזר הבן איש חי זיע"א ממסעו בארץ הקודש, הביא עמו משם אבן קטנה, ואת אבן זו קבעו בקיר הקרוב לכניסה המרכזית של בית הכנסת-הגדולה, בו היה דורש בכל שבת. על האבן היו חרוטות המילים 'אבן מארץ ישראל', וכל העוברים על המקום בהכנסם לבית הכנסת, היו נוגעים בה ומנשקים את אצבעותיהם. הבן איש חי הביא עמו גם שקים אחדים של עפר קדוש מארצנו הקדושה, אותו זרה על פני קרקע הכניסה של בית הכנסת שלא היתה מרוצפת, כדי שכל הנכנס בשערי בית הכנסת יזכה לדרוך באדמת ארץ ישראל. כל זאת נעשה כמנהג העתיק המיוחס לפסוק "כי רצו עבדיך את אבניה ואת עפרה יחוננו".