בשיחה מיוחדת עם יד ימינו ומקרובו הגדול הגאון רבי יוסף אפרתי שליט"א הוא מספר לנו על עומק האהבה ששררה ביניהם, הם הרי היו גדולים שחיו את כל אורחותיהם על פי ההלכה המדויקת, וכשהוא למד בגמרא בכתובות [קה] 'כל המביא דורון לתלמיד חכם כאילו מקריב ביכורים' הוא חשב לעצמו למי יוכל לתת ביכורים אלו ולצאת ידי ענין זה, ותרו אחר דמות תלמיד חכם אמיתי שיוכל לענות על כך, לא פלא שמצא את רבינו מרן הגרי"ש אלישיב זצוק"ל ואכן מידי שנה לקראת חג השבועות היה מגיע במיוחד לתת מתנת ביכורים, קערה מיוחדת עם פירות גדולים ומרשימים, ובהביאו מנחת ביכורים זו חש שהוא מהנה ת"ח בדורו.
המעניין הוא, שבשנים האחרונות רבינו מרן הגרי"ש זצוק"ל הוקיר לו אף הוא טובה והעריכו כתלמיד חכם, ולכן ביקש מנכדו ר' אריה שליט"א ימים קודם חג השבועות שירכוש פירות כאלו, ויעבירם לכ"ק האדמו"ר מערלוי זצוק"ל קודם החג, והוא אכן הקדימו. ובהמשך הוא הביא במשך כל ג' הרגלים, ונהג להביא מנחת ביכורים קודם הגעת החג, וזה הראה במעט את גודל הערכה ששררה ביניהם.
סיפור נוסף אותו אנו שומעים נסוב סביב חלום מיוחד שהביא את רבינו מרן הגרי"ש זצוק"ל להתייחס לשאלת הדר"ג, היה זה לאחר שכ"ק האדמו"ר מערלוי זצוק"ל שיגר לרבינו מרן הגרי"ש אלישיב זצוק"ל מכתב בו סיפר כי חלם בלילה שפגש בו, וחפץ היה לשאול אותו שאלה סבוכה בהלכה, אך לא הספיק לשאול אותה קושיה מסוימת ולכן הוא מעלה אותה על הכתב.
וכך כותב כ"ק האדמו"ר מערלוי במכתבו, שנשלח בחודש אדר תשנ"ט למרן הגרי"ש אלישיב: "שלום וכל טוב להארז אשר בלבנון לפני שמש ינון, ה"ה כבוד ידיד ד' ומר ידיד נפשי רב כאור החמה שבעתיים יהל נרו ויציץ ציץ נזרו עמו"ש".
"אחרי קידה חמש מאות מול הדר"ג שליט"א – היות וביום חמישי העל"ט זכיתי לראות פני הדר"ג שליט"א בחלום לילה ולשוחח עמו, ואז התחלתי להציע לו קושיה שהיתה קשה לי מאז במס' ביצה (ג' ע"ב) והקצתי טרם סיימתיו, ואמרתי בהרומנא דהדר"ג שליט"א להציע לו בכתב". בהמשך פירט הרבי מערלוי את שאלתו העוסקת בסוגיה במסכת ביצה על כך שמוקצה חמור כעין דאורייתא.
לאחר מכן הוא מזכיר את היותו בניחום אבלים אצל מרן הגרי"ש אלישיב וכותב: "ואיידי דאיירי עת הייתי בניחום אבלים אצל הדר"ג שליט"א, ד' יגדור פרצת המשפחה ופרצת עמו ישראל ברחמים ולא יוסיף לדאבה עוד", ומציין סוגיא שהזכיר בפניו ממסכת מועד קטן ומרחיב בשאלתו.
מרן הגרי"ש אלישיב, במכתב תשובתו שנשלח ב"ערב פורים דפרזים תשנ"ט, כותב: "יהא שלמא רבא מן שמיא לידידי הגאון הגדול ציס"ע (צדיק יסוד עולם) מהור"ר יוחנן סופר שליט"א אב"ד ור"מ דק"ק ור"י אוהל שמעון, ברכה ושלום רב".
"לדידי חזי לי מה שכתב הדרת גאונו במכתבו אלי כי ביום ג' אדר ראה אותי בחלום בחזיון לילה, והציע לפניי קושיה ולא הספיק לסיים את הקושיה עד שנתעורר והנה חלום, ושדר לן הדרת גאונו את הקושיה וברצונו לדעת מה בפי. והואיל ואיתרחיש בהא מילתא אמרתי כי עליי לתת לזה דין קדימה ולעיין במילי דמר על אף טרדותי הסובבים אותי כי כסלא לאוגיא", ולאחר מכן מפרט את תשובתו לשאלת האדמו"ר זצוק"ל.
וכן מרן פוסק הדור הגרי"ש אלישיב זצוק"ל משיב לכ"ק האדמו"ר מערלוי זצוק"ל כי למרות הטרדות הרבות הסובבות אותו, הרי שהתפנה להשיב לו על קושייתו כיוון שהתרחש מקרה החלום, אך המענין הוא שאף בשנים קדמוניות, היה מרן הגרי"ש זצוק"ל מכנה אותו תדיר בתואר הנדיר 'צדיק יסוד עולם' שלא היה מצוי בשגרת לשונו ועטו.
נכדו מוסיף לנו, כי בכל מערכות הדת שהתנהלו בירושלים, הוא היה מרבה להיוועץ עם רבינו מרן הגרי"ש זצוק"ל, ויחדיו הם נועדו לא אחת, ותמיד כשהגיע לרבינו, היה מהר מאד מקבל את פסוקו, ושוטח שאלותיו בהלכה ובעומק הסוגיות, והיה הופך החדר עד מהרה לבית מדרש סוער בדברי חכמים המתפלפלין זה עם זה בלהיטות ממש.
כמו כן היה נדיר לראות כיצד בכל פעם כשנפרד מרבינו מרן הגרי"ש אלישיב זצוק"ל, איך היה מברכו בכל לב, והיה מודה להקב"ה שהניח לנו גאון ופוסק שכזה בדור יתום, ובירכו שיאריך ימים על ממלכתו עוד רבות בשנים, ואמר זאת בהתרגשות רבה ממש.
עשרות מכתבי תורה יש ביניהם, ובהם ניתן לראות את הערכה המופלגת ששרר ביניהם, והדבר בא לידי ביטוי גם בתארים שכתבו זה לזה כל השנים, ובעומק הנידונים והשאלות שנתדיינו בהם יחדיו.
מלבד זאת מציין נכדו, הוא היה שולח כל ספר חדש שהוציא לאור, ומרן הגרי"ש זצוק"ל הראה חביבות רבה לספריו, והיה מעיין בהן ולעתים אף מעיר הערותיו על דברותיו המאירות.
הוא הקים לפני כחצי יובל שנים יחד עם רבינו מרן הגרי"ש את ועדת הרבנים לשמירת השבת בארץ הקודש, אליהם הצטרפו גם מרן ראש הישיבה הגראי"ל שטינמן שליט"א וכ"ק הרבי מגור שליט"א, והם שלחו כל אחד את נציגיו לכהן בגוף ייחודי וחשוב זה.
